优质种子的来源依赖于优良株型和良种的培育，因而在生产上应注意优良株型的选择和合理施肥技术。选种时首先选择大叶型和花叶型两个类型，再在这基础上，选择芽苞数多、外侧芽发达、分枝多、叶数多且面积大、叶色正常、生长旺盛的四、五年生黄连植物，作采种植株。最好在种植三年时，将符合上述要求的类型，集中栽培，作为优质种源来培育为了获得优质种子，按照黄连良种生产的配套技术进行操作。种子地应选择土质疏松，有机质含量高的森林黄棕壤土，坡不要太高，以早晩阳山为好。荫蔽度要略高于一般生产黄连的要求，通风性好。田间管理是提高种子结实率和优质率的重要措施，其中，施肥是获得优质种子的重要保证，通过对氮、磷、钾的不同配比的试验结果，高钾组种子的千粒重和产量要高于低钾组，因而在种子成熟前期，即入冬前增施钾素肥，对于提高黄连种子的优质率是非常重要的。
二、种子采收及分级
黄连植株在移植后第二年就可结种子，但数量少，种子含水量大，品质较差，一般不用。移栽三年的黄连种子数量较多，品质较好，当地称为“试花子”。移栽四年的黄连结出的种子，数量最多，成熟度高，品质好，称为“山种子”，其种子出苗率也高、出苗整齐，为种子采收的最佳时期，重次石柱、湖北利川等黄连产地采用的种子多为红山种子。黄连苗移栽五年所结时子，称为“老红山种子”，由于多受遮阴棚垮塌或亮棚的影响，导致黄连片和花薹易受到冻害和强光的照射，影响了黄连种子的发育，其品质较红山种子差采收合格的种子后，需对种子分级，一般分为三级：在0.9mm筛以上的种子为一级级种子，在05~08mm筛之间为二级种子，0.5mm以下为三级种子。一般只用一、二级种子作为良种育苗。
三、种子贮藏保管
种子贮藏的方法通常采用搭棚层积法。即选坡度10°以下排水良好的阴山坡地，搭棚遮阴，荫蔽度在80%以上，用树枝盖棚，使棚内能接受自然雨水。在棚周围开排水沟，使其上坡水不流入棚内。棚内开沟作低厢，厢宽lm，厢长3~4m，厢距30cm左右，厢间开沟。将厢中土壤挖去10cm深，四周留5m厚的壁，成一长方形窖，中间沟窖底压平，铺垫少量沙。将收获的种子用清水选种，去掉皮壳、渣滓和瘪子，待水沥干后摊在窖底，厚3cm左右，盖纯沙或排水透气性良好的腐殖质土10cm左右。种子贮藏后要经常检查，特别是在头两个月(5~6月)，需每隔3~5天检
査一次，发现霉变应立即将种子淘洗后与沙混合再贮藏。在贮藏3~4个月后(9月左右)，气温逐渐降低，可一个月检查一次。